Es depositario de la historia e identidad cultural de Cotacachi. En sus salas se exhiben los aspectos etnográficos, arqueológicos, artesanales y musicales, elementos identitarios de la vida de este pueblo. El Museo está distribuido en cuatro áreas.
Construida en el siglo XX; de estilo barroco neo renacentista, tiene dos cuerpos: el primero sobresalen columnas romanas que separan la puerta principal y en el segundo se destacan pilastras semejantes a las de la portada de la Compañía de Jesús.
Ubicado en el ingreso a la Parroquia de Peñaherrera su nombre deriva de una imagen del Señor de Intag que fue colocada en el Río Cristopamba hace más de 100 años.
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Refugio tienen una prodigiosa cantidad de orquídeas y otras flores, de árboles (incluyendo el árbol medicinal Sangre de drago), y de varias epifitas (plantas que crecen sobre otras plantas), como las bromelias.
