Conserva un estilo neoclásico que combina la arquitectura griega y romana. Luce majestuosa en su altar mayor la imagen de Santa Ana, Patrona del Cantón, que fue adquirida a la comunidad de Azama y a la que veneran muchos devotos.
Refugio tienen una prodigiosa cantidad de orquídeas y otras flores, de árboles (incluyendo el árbol medicinal Sangre de drago), y de varias epifitas (plantas que crecen sobre otras plantas), como las bromelias.
Es depositario de la historia e identidad cultural de Cotacachi. En sus salas se exhiben los aspectos etnográficos, arqueológicos, artesanales y musicales, elementos identitarios de la vida de este pueblo. El Museo está distribuido en cuatro áreas.
