Conserva un estilo neoclásico que combina la arquitectura griega y romana. Luce majestuosa en su altar mayor la imagen de Santa Ana, Patrona del Cantón, que fue adquirida a la comunidad de Azama y a la que veneran muchos devotos.
Junín se encuentra ubicado al costado de la Cordillera de Toisán, Parroquia García Moreno, en el area de amortiguamiento de la Reserva Ecológica Cotacachi-Cayapas.