Construida en el siglo XX; de estilo barroco neo renacentista, tiene dos cuerpos: el primero sobresalen columnas romanas que separan la puerta principal y en el segundo se destacan pilastras semejantes a las de la portada de la Compañía de Jesús.
El 21 de diciembre de cada año se celebra el cuidado de los ojos de agua y vertientes con rituales y entrega de ofrendas en lugares sagrados, es el solsticio. Celebradas en las comunidades de la zona Andina del cantón Cotacachi.
El 21 de marzo de cada año se celebra la entrada al fuego nuevo, es el equinoccio de invierno en donde principalmente las comunidades y comunas indígenas campesinas del cantón Cotacachi festejan este inicio del nuevo año.
El juego del trompo es utilizado en Cotacachi para los desafíos barriales que tradicionalmente se realizan en la época de finados. Cada equipo tiene un líder que se encarga de promover los desafíos.
Por la noche cada familia indígena prepara el wakcha karay que consiste en papas, mote, fréjol, tostado, nabo, carne de cuy y de gallina, champús, colada morada, guaguas de pan y alguna que otra golosina preferida por el difunto.
Es depositario de la historia e identidad cultural de Cotacachi. En sus salas se exhiben los aspectos etnográficos, arqueológicos, artesanales y musicales, elementos identitarios de la vida de este pueblo. El Museo está distribuido en cuatro áreas.
