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Es depositario de la historia e identidad cultural de Cotacachi. En sus salas se exhiben los aspectos etnográficos, arqueológicos, artesanales y musicales, elementos identitarios de la vida de este pueblo. El Museo está distribuido en cuatro áreas.

Junín se encuentra ubicado al costado de la Cordillera de Toisán, Parroquia García Moreno, en el area de amortiguamiento de la Reserva Ecológica Cotacachi-Cayapas.

El Recinto, ubicado a 200 m s. n. m., con un clima subtropical, se dedica especialmente a la actividad agrícola y ganadera. El cultivo de palma africana es su fuente económica principal, seguida de cultivos como el cacao, maracuyá y palmito.