Es depositario de la historia e identidad cultural de Cotacachi. En sus salas se exhiben los aspectos etnográficos, arqueológicos, artesanales y musicales, elementos identitarios de la vida de este pueblo. El Museo está distribuido en cuatro áreas.
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Es un lugar con un diseño semi-rustico rodeado de murallas que le dan el aspecto de una FORTALEZA PRECOLOMBINA, cuenta con toda la infraestructura y el potencial para atender las necesidades y exigencias de los visitantes nacionales y extranjeros.
Junín se encuentra ubicado al costado de la Cordillera de Toisán, Parroquia García Moreno, en el area de amortiguamiento de la Reserva Ecológica Cotacachi-Cayapas.
