Construida en el siglo XX; de estilo barroco neo renacentista, tiene dos cuerpos: el primero sobresalen columnas romanas que separan la puerta principal y en el segundo se destacan pilastras semejantes a las de la portada de la Compañía de Jesús.
Es depositario de la historia e identidad cultural de Cotacachi. En sus salas se exhiben los aspectos etnográficos, arqueológicos, artesanales y musicales, elementos identitarios de la vida de este pueblo. El Museo está distribuido en cuatro áreas.
En Cotacachi existe un acto ritual de especiales características, denominado La Danza de los Yumbos, que se realiza como parte de la celebración del equinoccio de septiembre denominado Hatun Mama o Culto Grande a Santa Anita.
