Construida en el siglo XX; de estilo barroco neo renacentista, tiene dos cuerpos: el primero sobresalen columnas romanas que separan la puerta principal y en el segundo se destacan pilastras semejantes a las de la portada de la Compañía de Jesús.
El 21 de diciembre de cada año se celebra el cuidado de los ojos de agua y vertientes con rituales y entrega de ofrendas en lugares sagrados, es el solsticio. Celebradas en las comunidades de la zona Andina del cantón Cotacachi.
Es depositario de la historia e identidad cultural de Cotacachi. En sus salas se exhiben los aspectos etnográficos, arqueológicos, artesanales y musicales, elementos identitarios de la vida de este pueblo. El Museo está distribuido en cuatro áreas.
