Cotacachi – Cayapas tiene diferentes pisos altitudinales que están contenidos y protegidos en este parque: desde la cima rocosa, y a veces nevada, del volcán Cotacachi a 4939 m en la cordillera Occidental de los Andes, hasta los bosques húmedos tropicales en las tierras bajas a orillas del río Cayapas.
Este gran rango altitudinal se debe a su ubicación y tamaño y, hace que Cotacachi Cayapas sea una de las áreas protegidas que alberga más tipos de ecosistemas. Muy arriba en la cordillera se encuentran los páramos y los arenales del volcán Cotacachi; luego están los bosques montanos de la vertiente pacífica, con su gran diversidad y complejidad; más abajo aparecen los exuberantes bosques húmedos tropicales de la costa pacífica.
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Cotacachi – Cayapas tiene diferentes pisos altitudinales que están contenidos y protegidos en este parque.