Construida en el siglo XX; de estilo barroco neo renacentista, tiene dos cuerpos: el primero sobresalen columnas romanas que separan la puerta principal y en el segundo se destacan pilastras semejantes a las de la portada de la Compañía de Jesús.
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Es depositario de la historia e identidad cultural de Cotacachi. En sus salas se exhiben los aspectos etnográficos, arqueológicos, artesanales y musicales, elementos identitarios de la vida de este pueblo. El Museo está distribuido en cuatro áreas.
Por la noche cada familia indígena prepara el wakcha karay que consiste en papas, mote, fréjol, tostado, nabo, carne de cuy y de gallina, champús, colada morada, guaguas de pan y alguna que otra golosina preferida por el difunto.
El 21 de diciembre de cada año se celebra el cuidado de los ojos de agua y vertientes con rituales y entrega de ofrendas en lugares sagrados, es el solsticio. Celebradas en las comunidades de la zona Andina del cantón Cotacachi.
Conserva un estilo neoclásico que combina la arquitectura griega y romana. Luce majestuosa en su altar mayor la imagen de Santa Ana, Patrona del Cantón, que fue adquirida a la comunidad de Azama y a la que veneran muchos devotos.
