Ubicado en el ingreso a la Parroquia de Peñaherrera su nombre deriva de una imagen del Señor de Intag que fue colocada en el Río Cristopamba hace más de 100 años.
La comuna de Morochos se encuentra a 2700msnm, su población mantiene su vestimenta tradicional, en especial las mujeres, su lengua materna es el kichwa.
Es depositario de la historia e identidad cultural de Cotacachi. En sus salas se exhiben los aspectos etnográficos, arqueológicos, artesanales y musicales, elementos identitarios de la vida de este pueblo. El Museo está distribuido en cuatro áreas.
En Cotacachi existe un acto ritual de especiales características, denominado La Danza de los Yumbos, que se realiza como parte de la celebración del equinoccio de septiembre denominado Hatun Mama o Culto Grande a Santa Anita.
La Casa de las Culturas está construida sobre la fachada de una antigua edificación de estilo neoclásico republicano del siglo XX (residencia familiar).
