Construida en el siglo XX; de estilo barroco neo renacentista, tiene dos cuerpos: el primero sobresalen columnas romanas que separan la puerta principal y en el segundo se destacan pilastras semejantes a las de la portada de la Compañía de Jesús.
Es depositario de la historia e identidad cultural de Cotacachi. En sus salas se exhiben los aspectos etnográficos, arqueológicos, artesanales y musicales, elementos identitarios de la vida de este pueblo. El Museo está distribuido en cuatro áreas.
El 21 de diciembre de cada año se celebra el cuidado de los ojos de agua y vertientes con rituales y entrega de ofrendas en lugares sagrados, es el solsticio. Celebradas en las comunidades de la zona Andina del cantón Cotacachi.
