Conserva un estilo neoclásico que combina la arquitectura griega y romana. Luce majestuosa en su altar mayor la imagen de Santa Ana, Patrona del Cantón, que fue adquirida a la comunidad de Azama y a la que veneran muchos devotos.
Construida en el siglo XX; de estilo barroco neo renacentista, tiene dos cuerpos: el primero sobresalen columnas romanas que separan la puerta principal y en el segundo se destacan pilastras semejantes a las de la portada de la Compañía de Jesús.
Por la noche cada familia indígena prepara el wakcha karay que consiste en papas, mote, fréjol, tostado, nabo, carne de cuy y de gallina, champús, colada morada, guaguas de pan y alguna que otra golosina preferida por el difunto.
Es depositario de la historia e identidad cultural de Cotacachi. En sus salas se exhiben los aspectos etnográficos, arqueológicos, artesanales y musicales, elementos identitarios de la vida de este pueblo. El Museo está distribuido en cuatro áreas.
El Recinto, ubicado a 200 m s. n. m., con un clima subtropical, se dedica especialmente a la actividad agrícola y ganadera. El cultivo de palma africana es su fuente económica principal, seguida de cultivos como el cacao, maracuyá y palmito.
En Cotacachi existe un acto ritual de especiales características, denominado La Danza de los Yumbos, que se realiza como parte de la celebración del equinoccio de septiembre denominado Hatun Mama o Culto Grande a Santa Anita.
